El área de la cuenca del río Cenepa es de 6804.4 km2.

ONERN reporta un módulo hídrico anual de 506 m3/s.

El río Cenepa tiene una longitud total desde sus nacientes en la cordillera del Cóndor hasta su desembocadura en el río Marañon de 210 km.

Su tercio final es navegable, desde la confluencia con el Marañon hasta aproximadamente la quebrada Cangas (Inmediaciones de C.N. Huampami).

3. Vertiente del Lago Titicaca

a. Cuenca e hidrografía del Lago Titicaca

El lago Titicaca es un cuerpo de agua con un volumen de 930,000 millones de metros cúbicos, una superficie media de 8,400 km2 en la cota 3810 msnm, y cuenta con una cuenca tributaria de 143,900 km2. El lago mayor se une con el menor por el estrecho de Tiquina que tiene un ancho de 800 m. La profundidad máxima del lago mayor es de 285 m mientras que la del lago menor es de 40 m. Mas de los dos tercios del primero tienen una profundidad superior a 150 m, en tanto que el segundo tiene una profundidad de 5 a 10 metros en la mayor parte de su extensión.

El sistema hidrográfico de la cuenca es endorreico, con todas las consecuencias que tal situación puede crear sobre los componentes biológicos del medio. El lago mismo funciona como un sistema cerrado, evacuando por el río Desaguadero menos del 5% de las perdidas totales de agua. El lago se encuentra sometido a una fuerte evaporación, hasta de 1600 mm anuales. Las aguas poseen un contenido de sales disueltas de cerca de un gramo por litro, lo que las distingue de las aguas mucho más dulces de la mayoría de los lagos andinos.

Aunque el nivel promedio del lago en los 90 años de registro corresponde a la cota 3819.34 msnm, se ha verificado una tendencia ascendente de sus niveles causada por la colmatación del río Desaguadero debida a la deposición de los sedimentos que aportan sus afluentes en los primeros 65 km de dicho río, habiendo originado la formación de la laguna Lucuchala a pocos kilómetros de su naciente, trasladándose el umbral de su salida hacia el final de esta laguna. Este hecho también produce que, siendo el crecimiento de los niveles de la laguna mucho mas rápido que el de los niveles del lago durante el periodo de lluvias, el desnivel formado entre la laguna y el lago cause ingresos de los volúmenes de ella hacia el lago. Cuando los niveles de este se encuentran por debajo de los de la laguna, hasta que se produzca la nivelación de ambos niveles, lo cual ocurre la mayor parte de los años durante el periodo de lluvias. Cabe subrayar que esta inversión de corriente es un fenómeno breve que afecta solamente volúmenes de agua relativamente bajos respecto a los valores medios y a los balances. De esta manera, puede afirmarse que la laguna Lucuchala se ha constituido en parte del lago, el cual termina al final de ella. Aun más, aguas abajo de esta salida se han formado recientemente nuevas lagunas hasta el lugar de Nazacara, las que se denominan Aripuno 1 y Aripuno 2, dificultando la descarga de la laguna Lucuchala.