Los afluentes principales por la margen izquierda son los ríos Doña Ana y Tondora, y por la margen izquierda los ríos Mollebamba, Inqueryacu y el sauce.

La hidrografía del río Conchano pertenece a la Vertiente del Atlántico, descarga sus aguas en el río Marañón, por medio del río Silaco, teniendo su origen en varios afloramientos de agua indudablemente de procedencia subterránea, hecho que está comprobado por lo extremadamente reducido de su cuenca 2 km2 en comparación con su volumen de descarga.

En 1958, el Ing. Lizandro Mercado, mediante un estudio de reconocimiento, informaba de que en la zona en que afloraban las aguas del río Conchano, existían cinco "Ojos" principales de agua situados en diferentes cotas de la quebrada, e infinidad de pequeñas filtraciones en una zona de 2 km. de largo y 100 m . de ancho, de fisiografía pantanosa en la parte alta y cubierta de grandes pedrones en la parte baja, no existiendo ninguna otra fuente visible cuyo desague originara la formación del río, siendo ésta otra razón que reforzaba la hipótesis de que las aguas procedían de otra cuenca, y que llegaban a este lugar después de un recorrido subterráneo.

La zona de derivación del río Conchano hacia el río Chotano en la quebrada Salabamba, antes de su confluencia con el río Doña Ana se ubica de forma aproximada en las coordenadas 6º28' de latitud sur, y 78º40' de longitud oeste, a una altura media de 2,400 m.s.n.m. y compromete un área aproximada de 2 km2.

e. Cuenca e Hidrografía de los ríos Jequetepeque y Chamán

Las Cuencas de los ríos Jequetepeque y Chamán abarcan regiones naturales de la Costa y Sierra. La Cuenca del Río Jequetepeque comprende un área de 4,372.50 Km2, mientras que la Cuenca del Chamán ocupa un área de 1,569.20 Km2; se encuentran bajo la influencia del clima del Pacifico y del Atlántico.

En la cuenca existen cinco categorías principales de ríos, que se extienden desde el litoral hasta las nacientes hidrográficas, relacionados a las categorías de los ríos principales, secundarios y quebradas.

Río Jequetepeque - Chilete - Magdalena - San Juan, Huacraruco

El río Jequetepeque nace en una pequeña laguna ubicada al pie del Cerro Agopití en la Provincia y Departamento de Cajamarca, entre los 07° 20' de Latitud Sur y 78° 21' de Longitud Oeste, a una altura aproximada de 3,800 m.s.n.m..

De las aguas vertidas por la quebradas Calzada, Huascamonte y Clariyacu, se origina el río Huacraruco, que en su trayecto de Este a Oeste es alimentado por quebradas y principalmente, en su margen izquierda por el río Pacachal, prosiguiendo hasta muy cerca de la localidad de San Juan, donde con el aporte de las escazas aguas de la quebrada la Tranca, se denomina río San Juan, más adelante es alimentado por los río Chotén y Naranjo, para finalamente con el aporte del Río Asunción, en su margen izquierda, dar inicio al río Magdalena.

El Río Magadalena tiene entre sus principales afluentes, el río Chetillano, el río Chanta, y a la altura de la localidad de Chilete confluyen los ríos San Pablo, por su margen derecha y el río Huertas por su margen izquierda. A partir de estas confluencias, aguas abajo se denomina río Chilete.

El río Chilete, de una longitud relativamente corta, por su magen izquierda recibe los aportes del río Contumazá, y por su margen derecha, a la altura de la localidad de Llallán, recibe los aportes del río Puclush (San Miguel), desde donde se denomina río Jequetepeque.

El régimen del río Jequetepeque es muy irregular, en los meses de estiaje sus descargas pueden llegar a caudales menores de 1.0 m3/s